一般密教經典大都只是講儀軌，着重於修持的方法，但《大日經》郤包涵了一套自己完整的理論體系。其〈入真言門住心品〉中所講「如實知自心」是全經的本體論；「菩提心為因，悲為根，方便為究竟」三句，是它的實踐論；而「身語意」三密是它的方法論。一部大日經能貫串了理論、實踐與方法，其於密教中被譽為根本的經典，誠然有其重要地位和價值。
「如實知自心」為「本體論」
何謂「如實知自心」？經文中說：「云何菩提？謂如實知自心。秘密主，是阿耨多羅三藐三菩提，乃至彼法少分無有可得……….佛言：自心尋求菩提及一切智。何以故？本性清淨故。」這段義理相近於禪宗的「直指人心，見性成佛」。須知禪宗講明心見性：一切不染，離諸法相(本性清淨)是「明心」無有一法可得是「見性」；而本經所指的「如實知自心」及「自心尋求菩提及一切智」即是「明心見性」。
《大日經》認為真實徹底地證知自己的心性，就是覺悟成佛。這就是自覺。若能以「悲為根」，廣度一切眾生也能自覺，即是自覺覺他。所以佛與眾心，其心的本體相同，其異只在覺與不覺。「如實知自心」，即覺，即佛，不能「如實知自心」即眾生，即迷。這「如實知自心」的智，即是天台宗所講的「一切種智」。本經顯示空義甚多，與般若經論甚為相應。
本經所講義理，亦與唯識宗契合。密宗即身成佛，即是一切種智闡發到極致之果。此智是唯識宗所指「大圓鏡智」的果位主體。本經所說「如實了知自心」即是以「平等性智」去除我執；所說「自心尋求菩提及一切智」即是以「妙觀察智」去除法執。在修行的過程中，本經所教方法，是以以身語意三密加持：手結印契為身密，口誦真言為語密，心觀本尊為意密。這即是以「成所作智」(前五識配合意識) 的殊勝功能作用。
《大日經》中處處有唯識宗所講的「唯識無境」義理。〈入真言門住心品〉說：。「……法無我性。何以故？如彼往昔如是修行者，觀察蘊阿賴耶，知自性如幻、陽焰、夢、影、響、旋火輪、乾闥婆城……。」本經認為沒有什麼東西可以超出人的認識之外，即「唯識無境」。世界上的一切事物和現象都包羅在心之內。
如果把本來清淨無分別的心，一分為二：一妄一真，那麼妄心就是心的相，心的顯現和表象。真心即是經中所講「本不生」的清淨心。＜入真言門住心品＞說：「秘密主，彼如是捨無我，心主自在，覺自心本不生。」據《大日經疏》的解釋：一切事物和現象，都是因緣所生法，展轉相生，互為緣起。最後的本原是什麼呢？就是一切法不生之處，所以「自心本不生」(或曰「無生」) ，就是一切事物和現象的本原。如印度梵文的元音「阿音」，其他音必須憑藉此音才能發出聲來。此音就是萬聲之母，譬喻宇宙之原。這「阿音」譬喻為「本不生」。「覺自心本不生」即能「如實知自心」，真實徹底地證悟這真心的體性。
這本不生是「體」，是無為的，非生滅法；一切雜染諸法是「相」，乃有為的，屬生滅法。但「體」與「相」是不異的，同出一心故，即《大乘起信論》所講的一心二門：心真如門，心生滅門。並不是另有一異於體性的心。體性本自清淨，所以「淨」是這心的體性。「淨」是無相的，不能以感官所能認知，所以不是六根，不是六塵，亦非六識。這「淨心」的存在同識心的存在是一致的，根本無有分別。這存在是因緣所生法，緣生即生，緣盡則滅，無有自性，而究竟終極之處，即是「不生」之際，「不生」之際就是淨心所住之處。
若要「如實知自心」，必須透過言語文字，慨念思維，所以我們要經過對心相的認知，才能了解其本體。這樣循步漸進，層層深入，由淺至深，才能「如實知自心」。怎樣才能開啟這清淨心呢？必須要有原因、條件；即是要有實踐與方法。經中所說修密者以「菩提心為因，大悲心為根，方便為究竟」，這就是實踐；而方法，即是身口意三密相應。從第二品〈入漫荼羅具緣真言品〉至最後的第三十一〈囑累品〉是本經所遍述的實踐和方法。
「因、根、方便」為實踐論
在〈入真言門住心品〉中，佛言：「菩提心為因，悲為根，方便為究竟。」這因有內與外兩層次：一切眾生本來具足與佛同儔的本性，都可以透過修行而覺悟成佛，這是「內因」。「外因」是指眾生追求覺悟真理的自信心。內外因皆備就是具足了「菩提心」。
具有了「菩提心」，尚需要有修行的基本條件和過程。這就是以「悲為根」。「悲」於此包涵「慈悲」之義，「慈」能與樂，「悲」能拔苦。修行者除了要有慈悲心之外，還要勇猛精進，不斷克服重重障礙，掃淸一切煩惱的塵垢，所以慈悲與精進二者相輔相成，缺一不可。「根」者，基礎義，如樹之根，能執持枝葉花果，使基礎立而不拔，譬喻修行進趣的基礎和淨心逐漸增長成熟的各種條件。
何謂「方便為究竟」？這是修行的方法論。「方便」即技巧方法，在此特指是「身語意」三密方便，以三密方便究竟成佛，即「身密」的手印，「語密」的真言，「意密」瑜伽觀想。「究竟」即終極，結果，指成佛之果。
「身語意三密」為方法論
關身語意三密甚深微妙，可以約為兩方面來看。
第一約佛界（理），第二約眾生界（相）。約佛界看來，身密是宇宙全體的活動，語密是宇宙所有聲音言語的活動，心密是宇宙間一切的精神活動。宇宙森羅萬象，不離大日如來，如來即宇宙，如來的三密，堅一旦三世，橫遍十方，是永恆。約眾生界來看，我們不能如實知自心，必須透過三密的修持才能認知。就是身結手印，口唱真言，意住三摩地，要修到三密相應的境界，才能如實知自心。 而在三密修法上，有「有相」和「無相」兩種方法。有相是身結手印，口唱真言，意住三摩地，無相則是達到一擧手一投足皆成密印，門口發聲悉是真言，起心動念皆是妙觀，從有相修至無相，由眾生三密界修至佛界三密。所以，為了使凡夫悟入無相一實的法體，須要透過有相三密的修持，使其歸入平等絕對的清淨本體。
〈入漫荼羅具緣真言品〉說：「佛子，諦聽！若族姓子住是戒者，以身語意合為一，不作一切諸法。云何為戒？所謂觀察捨於自身，奉獻諸佛菩薩。何以故？若捨自身，則為捨彼三事。云何為三？謂身、語、意。」
從凡夫修行至成佛，必須透過不斷的戒定慧三無漏學，如果修密者將身語意三業合而為一，以此為戒，即是以密法清淨自己的身口意三業。若能徹底捨卻了身語意的不淨三業，就能脫離了一切煩惱及無明。這即是持無上清淨戒。經中闡述修定慧之處頗多，尤其是第二十五品〈三三昧耶品〉與第二十九品〈說無相三昧品〉。
